Abstract
| Original language | English |
|---|---|
| Article number | 512 |
| Pages (from-to) | 1-29 |
| Number of pages | 29 |
| Journal | Communications Biology |
| Volume | 3 |
| DOIs | |
| Publication status | Published - 17 Sept 2020 |
Bibliographical note
Copyright the Author(s) 2020. Version archived for private and non-commercial use with the permission of the author/s and according to publisher conditions. For further rights please contact the publisher.Fingerprint
Dive into the research topics of 'Robust estimation of bacterial cell count from optical density'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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In: Communications Biology, Vol. 3, 512, 17.09.2020, p. 1-29.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
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T1 - Robust estimation of bacterial cell count from optical density
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AU - Doyle, David
AU - Gu, Jiajun
AU - Hu, Wenyue
AU - Yang, Shuting
AU - Kehan, Tao
AU - Menghan, Gao
AU - Xiaowen, Mao
AU - Chen, Yifei
AU - Kang, Ziqi
AU - Ni, Haochen
AU - Chen, Junyu
AU - He, Lindong
AU - Luo, Mingyue
AU - Tang, Jiaqi
AU - Boyce, Kira
AU - Lee, James
AU - Martin, Michael
AU - Van Nguyen, Judy
AU - Wan, Leon
AU - Astapenka, Artur
AU - Badalli, Turan
AU - Borovko, Irina
AU - Chulkova, Nadezhda
AU - Faustova, Ilona
AU - Kolosova, Anastasia
AU - Loog, Mart
AU - Maljavin, Artemi
AU - Matiyevskaya, Frida
AU - Tuzov, Vladislav
AU - Chang, Catherine
AU - Chou, Ryan
AU - Clapper, Jude
AU - Ho, Tim
AU - Hsieh, Yi Da
AU - Lai, Evelyn
AU - Tsai, Leona
AU - Wang, Kelsey
AU - Wu, Justin
AU - Dominguez, Viana Isabel Perez
AU - Fernandez, Cesar Ibrahym Rodriquez
AU - Fierro, Daniela Olono
AU - Nunez, Anna Karen Aguilar
AU - Perez, Jose Pablo Rascon
AU - Rivera, Mario Loya
AU - Trevizo, Cynthia Lizeth Gonzalez
AU - Velasco, Maria Antonia Luna
AU - Oropeza, Carlos Javier Cordero
AU - Mendoza, Adrian Federico Hernandez
AU - Figueroa, Jose Arnulfo Juraez
AU - Leal, Luis Mario
AU - Benavides, Samantha Ayde Pena
AU - Martinez, Victor Javier Robledo
AU - Aguirre, Adriana Lizeth Rubio
AU - Alvarado, Andres Benjamin Sanchez
AU - Solano, Margarita Sofia Calixto
AU - Castillo, Nora Esther Torres
AU - Zamora, Alejandro Robles
AU - de la Pena Thevenet, Esteban
AU - Blas, Karla Soto
AU - Huerta, Ana Laura Torres
AU - Resendiz, Armando Cortes
AU - Cruz, Frida
AU - Diaz, Fernanda
AU - Espinoza, Diego
AU - Figueroa, Ana Cristina
AU - Luque, Ana Cecilia
AU - Portillo, Roberto
AU - Senes, Carolina
AU - Tamayo, Diana
AU - Del Toro, Mariano
AU - Alexopoulos, Ioannis
AU - Giannopoulos, Alexandros Dimitriou
AU - Giannoula, Yvoni
AU - Kyrpizidis, Grigorios
AU - Xinyue, Ma
AU - Xirui, Chen
AU - Zhiwei, Song
AU - Adler, Nina
AU - Caballero, Amalia
AU - Ibrahim, Ahmed
AU - Parmar, Jasmeen
AU - Rastogi, Tashi
AU - Yang, Jindian
AU - Delhomme, Jean
AU - Henras, Anthony
AU - Heux, Stephanie
AU - Romeo, Yves
AU - Toanen, Marion
AU - Wagner, Camille
AU - Zanoni, Paul
AU - Lotz, Thea
AU - Nickels, Elena
AU - Suss, Beatrix
AU - Warzecha, Heribert
AU - Zimmermann, Jennifer
AU - Dubuc, Emilien
AU - Eijkens, Bruno
AU - Keij, Sander
AU - Twisk, Simone
AU - Verhagen, Mick
AU - van den Oetelaar, Maxime
AU - Armstrong, Alexander
AU - Bennis, Nicole
AU - Bouwmeester, Susan
AU - Buller, Lisa
AU - Kohabir, Kavis
AU - de Leeuw, Monique
AU - Mangkusaputra, Venda
AU - Mattens, Jard
AU - Nijenhuis, Janine
AU - Paez, Timmy
AU - Schmidtchen, Lisbeth
AU - van der Voort, Gemma
AU - Ge, Gao
AU - Haoran, Xu
AU - Xiaojin, Li
AU - Agena, Ejouan
AU - Agena, Ethan
AU - Bath, Scott
AU - Campbell, Robert
AU - Dalangin, Rochelin
AU - Kim, Anna
AU - Sauvageau, Dominic
AU - Shkolnikov, Irene
AU - Graves, Daniel
AU - Lang, Jacob
AU - Nieberding-Swanberg, Jolee
AU - Rao, Achala
AU - Torres, Ares
AU - Yao, Andrew
AU - Abbas, Anser
AU - Luo, Claire
AU - Zepeng, Xu
AU - Ziyi, Zhao
AU - Chen, Janice
AU - Colgan, Cian
AU - Dvorkin, Steve
AU - Filzen, Rachael
AU - Patel, Varun
AU - Scott, Allison
AU - Zulueta, Patricia
AU - Acosta, Joaquin
AU - Araya, Lucas
AU - Chavez, Francisco
AU - Farias, Sebastian
AU - Garrido, Delia
AU - Marcoleta, Andres
AU - Munoz, Felipe
AU - Rivas, Paula
AU - Colant, Noelle
AU - Fan, Catherine
AU - Frank, Stefanie
AU - Gabrielli, Jacopo
AU - Handal, Paola
AU - Pinheiro, Vitor
AU - Santamaria, Stefanie
AU - Withanage, Shamal
AU - Xue, Fang
AU - Gerard, Antoine
AU - Lefevre, Marine
AU - Milano, Fiona
AU - De Sousa Oliveira, Nina
AU - Parmentier, Mathieu
AU - Rigon, Luca
AU - Chamiec-Case, Elizabeth
AU - Chen, Ryan
AU - Crowley, Peter
AU - Doyle, Shannon
AU - Kadimi, Sricharan
AU - Vella, Toni
AU - Adulyanukosol, Natthawut
AU - Dusseaux, Theodore A.
AU - Forman, Victor
AU - Hansen, Cecilie
AU - Kofoed, Selma
AU - Louis, Simon
AU - Lykkegaard, Magnus Ronne
AU - Mancinotti, Davide
AU - Meyer, Lasse
AU - Michelsen, Stephanie
AU - Raadam, Morten
AU - Rasmussen, Victoria Svaerke
AU - Thormar, Eirikur Andri
AU - Uslu, Attila
AU - leelahakorn, Nattawut
AU - Ding, Shizhi
AU - Li, Changyu
AU - Tan, Huishuang
AU - Xu, Yinsong
AU - Yang, Jianzhe
AU - Gamoneda, Diego
AU - Kantor, Nicole
AU - Trujillo-Rodriguez, Lidimarie
AU - Turner, Matthew
AU - George, Stephan
AU - McConnell, Kelton
AU - Pollitt, Chynna
AU - Amin, Ihya Fakhrurizal
AU - Ikhsan, Muhammad
AU - Japranata, Valdi Ven
AU - Laurentius, Andrea
AU - Nurachman, Luthfian Aby
AU - Pratama, Muhammad Iqbal Adi
AU - Dirven, Yvette
AU - Frohlich, Lisa
AU - Linke, Dirk
AU - Mertes, Verena
AU - Rolfsnes, Rebekka Rekkedal
AU - Saragliadis, Athanasios
AU - Castillo, Sandra
AU - Chinnathambi, Sathivel
AU - Ellermeier, Craig
AU - Farrell, Jennifer
AU - Fassler, Jan
AU - Fuentes, Ernie
AU - Ryan, Sean
AU - Sander, Edward
AU - Bott, Amie
AU - Healy, Liam
AU - Karumanchi, Pranathi
AU - Ruzicka, Alex
AU - Wang, Ziyu
AU - Byatt, Gabriel
AU - Despres, Philippe C.
AU - Dube, Alexandre
AU - Lemieux, Pascale
AU - Echelard, Florian
AU - Lortie, Louis-Andre
AU - Rouleau, Francois D.
AU - Barrington, Seth
AU - Basulto, Cynthia
AU - Delgadillo, Sabrina
AU - De Leon, Karen
AU - Madrid, Micah
AU - Meas, Catherosette
AU - Sabandal, Angelica
AU - Aguirre Sanchez, Magaly
AU - Tsui, Jennifer
AU - Woodward, Noble
AU - Battina, Rohith
AU - Boyer, Jess
AU - Cherupalla, Arjun
AU - Chiang, Jason
AU - Heng, Mary
AU - Keating, Collin
AU - Liang, Tommy
AU - Loke, Chun Kit
AU - Premo, Jacob
AU - Srinivasan, Keerthana
AU - Starkel, John
AU - Zheng, Daniel
AU - Astorino, Gabe
AU - Van Cott, Rachel
AU - Guo, Jintao
AU - Kortus, Drew
AU - Niu, Wei
AU - Freire, Paulo J. C.
AU - Pedrolli, Danielle Biscaro
AU - Ribeiro, Nathan Vinicius
AU - Silva, Bruna Fernandes
AU - Vanini, Nadine Vaz
AU - da Mota, Mariana Santana
AU - de Souza Crispim, Larissa
AU - Chapman, Tyler
N1 - Copyright the Author(s) 2020. Version archived for private and non-commercial use with the permission of the author/s and according to publisher conditions. For further rights please contact the publisher.
PY - 2020/9/17
Y1 - 2020/9/17
N2 - Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
AB - Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85091192744&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/s42003-020-01127-5
DO - 10.1038/s42003-020-01127-5
M3 - Article
C2 - 32943734
SN - 2399-3642
VL - 3
SP - 1
EP - 29
JO - Communications Biology
JF - Communications Biology
M1 - 512
ER -